PDFファイル自体がTrusteeサーバーへ送信されるのですか？

PDFファイル自体はTrusteeサーバーへ送信されません。
Trusteeサーバーへ送信される情報は、PDFファイルのハッシュ値のみで、Trusteeサーバーからはタイムスタンプトークンを返信します。
処理の概要は以下のとおりです。①③がクライアント側の処理になります。

①PDFファイルを解析してハッシュ値を計算し、ハッシュ値をTrusteeへ送信します。
②Trusteeでハッシュ値等からタイムスタンプトークンを発行して返信します。
③受け取ったタイムスタンプトークンをPDFファイルに付与します。